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El género Equus surgió en Norteamérica durante el Plioceno. Hace 4,5 millones de años dicho género se dividió en dos linajes, el caballino (del que proceden los actuales caballos) y el estenoniano (del que proceden asnos y cebras). El linaje estenoniano cruzó a Asia hace 2,6 millones de años y se extendió por el Viejo Mundo. Poco después, hace dos millones de años, las poblaciones africanas divergieron de las asiáticas, dando lugar a los antepasados de las actuales cebras. No está aún clara la relación filogenética entre las distintas especies de cebras. Estudios del ADN mitocondrial muestran un mayor parentesco entre la cebra de Grevy y la cebra común, mientras que la cebra de montaña estaría más relacionada genéticamente con el asno africano.No obstante, son necesarios estudios sobre el ADN nuclear para aclarar esta cuestión.
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